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Facture Électronique en Ligne
Entreprise individuelle

Meilleur logiciel Facturation Agréé pour Entreprise Individuelle

Vous êtes à la tête d'une entreprise individuelle (EI) et cherchez un logiciel de facturation électronique adapté à votre statut ? Nous avons évalué 8 solutions agréées PA/PDP pour les entrepreneurs individuels au régime réel.
Ilan Lemos
Ilan Lemos1 min de lecture

Pourquoi un comparatif dédié aux entreprises individuelles ?

L'entreprise individuelle (EI) permet d'exercer en nom propre avec une responsabilité limitée au patrimoine professionnel (depuis la réforme de 2022). Contrairement à la micro-entreprise, l'EI au régime réel nécessite une comptabilité plus structurée.

La réforme de la facturation électronique 2026 oblige les entreprises individuelles à s'équiper d'un logiciel conforme. Bonne nouvelle : plusieurs outils allient parfaitement simplicité d'utilisation et fonctionnalités comptables adaptées à ce statut.

Nous avons testé 8 logiciels taillés pour les entreprises individuelles, en analysant leur gestion du régime réel simplifié et leur rapport qualité/prix.

Méthodologie de test
  • Essai de chaque outil en configuration EI au régime réel
  • Analyse de la gestion de la TVA (déclaration, crédit de TVA)
  • Test de l'export comptable vers l'expert-comptable
  • Contrôle du statut PA/PDP dans le registre officiel de la DGFIP
  • Évaluation du rapport qualité/prix pour les petites structures
  • Test de la collaboration à distance avec un expert-comptable

Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.

Notre classement

Logo PENNYLANE

PENNYLANE

Meilleur choix
À partir de 14€/mois

Pennylane est une plateforme tout-en-un de gestion financière et comptable pensée pour les TPE, PME et experts-comptables français. Immatriculée Plateforme Agréée depuis 2024, elle permet d'émettre et de recevoir des factures électroniques au format Factur-X sans surcoût, avec l'ensemble des fonctionnalités comptables intégrées nativement : facturation illimitée, compte professionnel avec IBAN français, synchronisation bancaire automatique avec plus de 100 banques, suivi de trésorerie en temps réel, gestion des notes de frais et collaboration directe avec votre expert-comptable. La solution centralise toutes les données financières pour proposer une vision unifiée et automatisée de la situation comptable, aidant les dirigeants à prendre des décisions éclairées à partir d'informations toujours à jour. Avec plus de 4 500 cabinets comptables partenaires et une valorisation de 2 milliards d'euros après sa levée de 75 millions en 2025, Pennylane s'impose comme le leader français de la transformation digitale comptable.

Points forts

  • Interface moderne et intuitive avec synchronisation bancaire en temps réel sur plus de 350 banques
  • Collaboration fluide entre cabinet et client grâce à un espace partagé et une validation des écritures
  • Automatisation avancée : OCR, rapprochement bancaire et pré-comptabilisation par IA

À savoir

  • Tarification progressive qui peut augmenter avec le volume de transactions
  • Temps d'adaptation nécessaire pour les experts-comptables habitués aux outils classiques
  • Fonctionnalités CRM et devis moins poussées que les solutions spécialisées
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Axonaut

Excellent rapport qualité/prix
À partir de 34,99 € HT/mois

Axonaut est un logiciel de gestion tout-en-un français destiné aux TPE et PME. Il centralise CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessible.

Points forts

  • Outil 100 % français tout-en-un regroupant CRM, facturation, trésorerie, stock et comptabilité dans une interface claire
  • Plus de 320 000 utilisateurs, adopté par plus de 12 000 entreprises françaises
  • Application mobile complète (iOS/Android) avec API REST et connecteur MCP

À savoir

  • Trop riche pour les micro-entreprises qui n'ont besoin que de facturation basique
  • Fonctionnalités insuffisantes pour les ETI et grands comptes nécessitant un ERP
  • Moins d'intégrations tierces que les acteurs internationaux
Logo Sellsy

Sellsy

Alternative solide
À partir de 39€/mois

Sellsy est un logiciel français tout-en-un qui réunit CRM, facturation, trésorerie et pré-comptabilité dans une interface intuitive. Conçu pour les TPE et PME, il permet de gérer devis, factures, abonnements récurrents, paiements en ligne (Stripe, GoCardless), relances automatiques et rapprochement bancaire. Rachetée par TeamSystem en septembre 2025, la plateforme compte plus de 23 000 entreprises clientes et 180 collaborateurs. Sellsy est immatriculée Plateforme Agréée (PA) pour la facturation électronique obligatoire 2026, avec les formats structurés (Factur-X, UBL, CII) inclus sans surcoût. L'IA intégrée accélère la rédaction des devis et des relances. Une solution taillée pour facturer plus vite, encaisser plus tôt et piloter son activité en temps réel.

Points forts

  • CRM complet avec pipeline commercial visuel et automatisations marketing intégrées
  • Suite intégrée couvrant tout le parcours de la prospection au suivi comptable, sans ressaisie
  • Plus de 35 000 entreprises clientes et un support français réactif basé à La Rochelle

À savoir

  • Interface parfois dense avec un grand nombre de fonctionnalités à apprivoiser
  • Tarif par utilisateur qui peut peser pour les équipes nombreuses
  • Reporting avancé réservé aux formules supérieures

Alternatives

4
Logo INDY

INDY

Indy est la solution comptable n°1 des indépendants français avec plus de 200 000 utilisateurs et une note de 4.7 sur Trustpilot. Basée à Lyon, Indy propose une plateforme complète officiellement immatriculée Plateforme Agréée pour la réforme 2026. L'offre Essentiel, 100% gratuite, inclut la comptabilité automatisée (synchronisation bancaire, catégorisation par IA, détection TVA), la facturation conforme 2026, un compte pro gratuit (IBAN FR, carte Mastercard, virements instantanés) et un suivi en temps réel. Formules payantes : Plus à 9 EUR/mois (fonctionnalités avancées de pilotage) et Premium dès 12 EUR/mois (déclarations obligatoires avec spécialistes). Cibles : auto-entrepreneurs, EI BNC, SAS/SASU, SARL/EURL de moins de 247k EUR CA services ou 840k EUR vente, SCI, LMNP. Support client 5 étoiles avec réponse en moins de 2 min par chat avec des conseillers experts. Applications mobiles iOS (4.9) et Android (4.8) pour la gestion en mobilité. Création d'entreprise offerte avec accompagnement gratuit par des spécialistes du choix de statut. Garantie satisfait ou remboursé 30 jours sans engagement.

5
Logo TIIME PDP

TIIME PDP

TIIME PDP est la seule plateforme agréée de facturation électronique entièrement gratuite en France, immatriculée sous le numéro 0037 par la DGFiP. Pensée pour les indépendants, freelances, TPE et PME, TIIME propose une solution complète réunissant facturation électronique, comptabilité, compte professionnel et e-reporting dans un outil unique et centralisé. Avec plus de 300 000 entrepreneurs utilisateurs et une note exceptionnelle de 4,8/5 sur plus de 4 700 avis, TIIME se démarque par sa simplicité d'utilisation et son accompagnement progressif. La plateforme est certifiée ISO 27001 et SecNumCloud, garantissant la sécurité des données, et elle est interopérable Peppol pour les échanges européens. Contrairement à la plupart des concurrents, TIIME maintient sa gratuité totale sans frais cachés pour l'émission et la réception de factures électroniques.

6
Logo QONTO

QONTO

Qonto est une néobanque professionnelle française immatriculée Plateforme Agréée (PA n°23) par la DGFiP pour la facturation électronique obligatoire 2026. Elle réunit compte professionnel et logiciel de facturation conforme au format Factur-X dans une interface unique. La solution permet de créer, envoyer et recevoir des factures électroniques en toute conformité réglementaire, tout en centralisant la gestion bancaire et comptable. Qonto se démarque par son approche tout-en-un qui intègre la facturation électronique sans surcoût dans chaque forfait, les virements instantanés, plus de 80 intégrations tierces et un accès comptable direct. Particulièrement adaptée aux TPE-PME de 5 à 50 salariés, la plateforme facilite la transition vers la conformité 2026 grâce à un accompagnement dédié et une interface pensée pour les entrepreneurs.

8
Logo @N2F PDP

@N2F PDP

Fondée en 2011, N2F est une solution française de gestion des dépenses professionnelles qui s'est imposée comme référence auprès de 18 000 entreprises réparties dans 86 pays. Spécialisée dans les notes de frais, les cartes de paiement corporate et les factures fournisseurs, la plateforme bénéficie du statut de Plateforme Agréée (PA) immatriculée dans le cadre de la réforme 2026. Forte d'un taux de satisfaction de 97 % et de plus d'un million d'utilisateurs, N2F embarque un OCR intelligent basé sur l'IA, des connexions avec plus de 300 logiciels comptables et un support francophone réactif. Certifiée ISO 27001 et Ecovadis Silver, notée 4.7/5 sur les stores, la plateforme allie facilité de prise en main et conformité réglementaire rigoureuse.

Tableau comparatif

OutilFacturationFrançaisMobileAPICRMComptaIllimité
PENNYLANE
PENNYLANE
Axonaut
Axonaut
Sellsy
Sellsy
INDY
INDY
TIIME PDP
TIIME PDP
QONTO
QONTO
Abby
Abby
@N2F PDP
@N2F PDP

Quel logiciel choisir pour une entreprise individuelle ?

Votre choix doit s'appuyer sur votre régime fiscal et sur la nature de votre collaboration avec un expert-comptable.

Critères essentiels pour entreprise individuelle

5 points positifs

  • Gestion intégrale de la TVA (collectée, déductible, déclaration)
  • Export comptable compatible avec les outils de votre expert-comptable
  • Rapprochement bancaire automatisé
  • Suivi de trésorerie et tableau de bord synthétique
  • Agrément PA/PDP pour la mise en conformité 2026

Points d'attention

4 points d'attention

  • Assurez-vous de la compatibilité avec le logiciel de votre expert-comptable
  • Méfiez-vous des fonctionnalités comptables trop sommaires
  • Écartez les solutions uniquement pensées pour les micro-entrepreneurs
  • Vérifiez que le régime réel simplifié est correctement pris en charge

Notre conseil

  • Pour une entreprise individuelle au régime réel, Pennylane s'impose par sa comptabilité complète, sa collaboration fluide avec l'expert-comptable et sa gestion automatisée de la TVA. Axonaut et Sellsy sont d'excellentes options si vous recherchez également un CRM intégré.

Questions fréquentes

Questions fréquentes

La micro-entreprise est une variante de l'entreprise individuelle bénéficiant d'un régime fiscal simplifié (micro-fiscal). L'entreprise individuelle classique (EI) relève du régime réel, avec une comptabilité plus élaborée mais la possibilité de déduire ses charges professionnelles.
Oui, sans exception. Toutes les entreprises individuelles assujetties à la TVA entrent dans le périmètre de la réforme. La réception de factures électroniques sera obligatoire dès septembre 2026, et l'émission à partir de septembre 2027.
Ce n'est pas une obligation légale, mais c'est fortement conseillé au régime réel. Les meilleurs logiciels facilitent cette collaboration grâce à un accès partagé, des exports automatiques et un suivi en temps réel.
Les outils adaptés aux EI calculent automatiquement la TVA collectée (sur vos ventes) et déductible (sur vos achats). Certains vont même jusqu'à pré-remplir votre déclaration de TVA.
Oui, les solutions les plus complètes (Pennylane, Indy, Axonaut) gèrent cette transition en douceur. Elles vous accompagnent du régime micro au régime réel sans qu'il soit nécessaire de changer d'outil.
Depuis la loi de 2022, le patrimoine personnel de l'entrepreneur individuel bénéficie d'une protection automatique. Seul le patrimoine professionnel peut faire l'objet d'une saisie en cas de difficultés. Cette protection s'applique de plein droit, sans aucune déclaration préalable.
Chaque facture non transmise au format électronique expose à une amende forfaitaire de 15 EUR. En cas de manquements répétés, les sanctions peuvent atteindre 75 000 EUR pour les entreprises individuelles, voire le double en cas de récidive.
Sources

Informations vérifiées le 05/02/2026