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Facture Électronique en Ligne
Auto-entrepreneur

Meilleur logiciel Facturation Agréé pour Auto-entrepreneur

Auto-entrepreneur à la recherche d'un logiciel de facturation électronique accessible et efficace ? On a passé au crible 8 solutions agréées PA/PDP, pensées pour les freelances et micro-entrepreneurs.
Ilan Lemos
Ilan Lemos1 min de lecture

Pourquoi un comparatif dédié aux auto-entrepreneurs ?

Quand on est auto-entrepreneur (ou micro-entrepreneur), les attentes sont claires : un outil de facturation intuitif, peu coûteux, et capable de prendre en charge les particularités du régime fiscal (franchise de TVA, plafonds de chiffre d'affaires, etc.).

La réforme de la facturation électronique 2026 impose de pouvoir réceptionner des factures électroniques dès septembre 2026, puis d'en émettre à compter de septembre 2027. Rassurez-vous, plusieurs outils sont tout à fait adaptés à votre profil d'activité.

Nous avons évalué 8 logiciels pertinents pour les auto-entrepreneurs et freelances, en nous concentrant sur leur prise en main, leur tarification et leur conformité réglementaire.

Méthodologie de test
  • Essai de chaque outil avec un compte configuré en auto-entrepreneur
  • Vérification de la prise en charge de la franchise de TVA et des mentions légales
  • Mesure de la facilité d'utilisation et du temps nécessaire pour éditer une facture
  • Contrôle du statut PA/PDP dans le registre officiel de la DGFIP
  • Comparaison du rapport qualité/prix entre formules gratuites et payantes
  • Évaluation de l'application mobile pour facturer lors de déplacements

Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.

Notre classement

Logo INDY

INDY

Meilleur choix
Gratuit

Indy est la solution comptable n°1 des indépendants français avec plus de 200 000 utilisateurs et une note de 4.7 sur Trustpilot. Basée à Lyon, Indy propose une plateforme complète officiellement immatriculée Plateforme Agréée pour la réforme 2026. L'offre Essentiel, 100% gratuite, inclut la comptabilité automatisée (synchronisation bancaire, catégorisation par IA, détection TVA), la facturation conforme 2026, un compte pro gratuit (IBAN FR, carte Mastercard, virements instantanés) et un suivi en temps réel. Formules payantes : Plus à 9 EUR/mois (fonctionnalités avancées de pilotage) et Premium dès 12 EUR/mois (déclarations obligatoires avec spécialistes). Cibles : auto-entrepreneurs, EI BNC, SAS/SASU, SARL/EURL de moins de 247k EUR CA services ou 840k EUR vente, SCI, LMNP. Support client 5 étoiles avec réponse en moins de 2 min par chat avec des conseillers experts. Applications mobiles iOS (4.9) et Android (4.8) pour la gestion en mobilité. Création d'entreprise offerte avec accompagnement gratuit par des spécialistes du choix de statut. Garantie satisfait ou remboursé 30 jours sans engagement.

Points forts

  • Conçu pour les indépendants : BNC, micro-entreprise, professions libérales
  • Automatisation des déclarations 2035/2042 avec pré-remplissage fiscal
  • Synchronisation bancaire et catégorisation automatique des transactions

À savoir

  • Réservé aux structures simples (inadapté aux SARL/SAS avec salariés)
  • Fonctionnalités de facturation basiques en comparaison des solutions PME
  • Non adapté aux activités avec gestion de stock ou processus commerciaux complexes
Logo Abby

Abby

Excellent rapport qualité/prix
Gratuit (Pro dès 4€/mois)

Abby est la Plateforme Agréée de référence pour les micro-entrepreneurs et indépendants, adoptée par plus de 100 000 professionnels. L'application regroupe facturation illimitée, suivi de trésorerie, gestion de TVA et déclarations URSSAF au sein d'une interface simple et gratuite. Partenaire officiel de l'URSSAF, Abby facilite la mise en conformité avec la réforme 2026 en quelques clics.

Points forts

  • Pensé sur mesure pour les auto-entrepreneurs et les micro-entreprises
  • Déclaration URSSAF directement intégrée et automatisée
  • Prise en main rapide grâce à une interface épurée, parfaite pour débuter

À savoir

  • Réservé aux micro-entreprises, pas adapté aux structures plus grandes
  • Moins de fonctionnalités que les solutions professionnelles avancées
  • Montre ses limites dès que l'activité prend de l'ampleur
Logo TIIME PDP

TIIME PDP

Alternative solide
Gratuit

TIIME PDP est la seule plateforme agréée de facturation électronique entièrement gratuite en France, immatriculée sous le numéro 0037 par la DGFiP. Pensée pour les indépendants, freelances, TPE et PME, TIIME propose une solution complète réunissant facturation électronique, comptabilité, compte professionnel et e-reporting dans un outil unique et centralisé. Avec plus de 300 000 entrepreneurs utilisateurs et une note exceptionnelle de 4,8/5 sur plus de 4 700 avis, TIIME se démarque par sa simplicité d'utilisation et son accompagnement progressif. La plateforme est certifiée ISO 27001 et SecNumCloud, garantissant la sécurité des données, et elle est interopérable Peppol pour les échanges européens. Contrairement à la plupart des concurrents, TIIME maintient sa gratuité totale sans frais cachés pour l'émission et la réception de factures électroniques.

Points forts

  • Entièrement gratuit pour les micro-entrepreneurs et indépendants
  • Interface simple et épurée avec une prise en main immédiate
  • Conformité 2026 incluse sans le moindre surcoût

À savoir

  • Fonctionnalités limitées pour les structures plus complexes
  • Pas de CRM ni de gestion commerciale avancée
  • Support restreint sur la version gratuite

Alternatives

4
Logo PENNYLANE

PENNYLANE

Pennylane est une plateforme tout-en-un de gestion financière et comptable pensée pour les TPE, PME et experts-comptables français. Immatriculée Plateforme Agréée depuis 2024, elle permet d'émettre et de recevoir des factures électroniques au format Factur-X sans surcoût, avec l'ensemble des fonctionnalités comptables intégrées nativement : facturation illimitée, compte professionnel avec IBAN français, synchronisation bancaire automatique avec plus de 100 banques, suivi de trésorerie en temps réel, gestion des notes de frais et collaboration directe avec votre expert-comptable. La solution centralise toutes les données financières pour proposer une vision unifiée et automatisée de la situation comptable, aidant les dirigeants à prendre des décisions éclairées à partir d'informations toujours à jour. Avec plus de 4 500 cabinets comptables partenaires et une valorisation de 2 milliards d'euros après sa levée de 75 millions en 2025, Pennylane s'impose comme le leader français de la transformation digitale comptable.

6
Logo QONTO

QONTO

Qonto est une néobanque professionnelle française immatriculée Plateforme Agréée (PA n°23) par la DGFiP pour la facturation électronique obligatoire 2026. Elle réunit compte professionnel et logiciel de facturation conforme au format Factur-X dans une interface unique. La solution permet de créer, envoyer et recevoir des factures électroniques en toute conformité réglementaire, tout en centralisant la gestion bancaire et comptable. Qonto se démarque par son approche tout-en-un qui intègre la facturation électronique sans surcoût dans chaque forfait, les virements instantanés, plus de 80 intégrations tierces et un accès comptable direct. Particulièrement adaptée aux TPE-PME de 5 à 50 salariés, la plateforme facilite la transition vers la conformité 2026 grâce à un accompagnement dédié et une interface pensée pour les entrepreneurs.

7
Logo Sellsy

Sellsy

Sellsy est un logiciel français tout-en-un qui réunit CRM, facturation, trésorerie et pré-comptabilité dans une interface intuitive. Conçu pour les TPE et PME, il permet de gérer devis, factures, abonnements récurrents, paiements en ligne (Stripe, GoCardless), relances automatiques et rapprochement bancaire. Rachetée par TeamSystem en septembre 2025, la plateforme compte plus de 23 000 entreprises clientes et 180 collaborateurs. Sellsy est immatriculée Plateforme Agréée (PA) pour la facturation électronique obligatoire 2026, avec les formats structurés (Factur-X, UBL, CII) inclus sans surcoût. L'IA intégrée accélère la rédaction des devis et des relances. Une solution taillée pour facturer plus vite, encaisser plus tôt et piloter son activité en temps réel.

8
Logo @N2F PDP

@N2F PDP

Fondée en 2011, N2F est une solution française de gestion des dépenses professionnelles qui s'est imposée comme référence auprès de 18 000 entreprises réparties dans 86 pays. Spécialisée dans les notes de frais, les cartes de paiement corporate et les factures fournisseurs, la plateforme bénéficie du statut de Plateforme Agréée (PA) immatriculée dans le cadre de la réforme 2026. Forte d'un taux de satisfaction de 97 % et de plus d'un million d'utilisateurs, N2F embarque un OCR intelligent basé sur l'IA, des connexions avec plus de 300 logiciels comptables et un support francophone réactif. Certifiée ISO 27001 et Ecovadis Silver, notée 4.7/5 sur les stores, la plateforme allie facilité de prise en main et conformité réglementaire rigoureuse.

Tableau comparatif

OutilFacturationFrançaisMobileAPICRMComptaIllimité
INDY
INDY
Abby
Abby
TIIME PDP
TIIME PDP
PENNYLANE
PENNYLANE
Axonaut
Axonaut
QONTO
QONTO
Sellsy
Sellsy
@N2F PDP
@N2F PDP

Quel logiciel privilégier quand on est auto-entrepreneur ?

Les priorités d'un auto-entrepreneur ne sont pas les mêmes que celles d'une PME. Voici les points réellement déterminants.

Critères essentiels pour auto-entrepreneur

5 points positifs

  • Prise en charge automatique de la franchise de TVA (mention légale incluse)
  • Interface fluide et rapide (une facture créée en moins de 2 min)
  • Application mobile opérationnelle pour facturer en déplacement
  • Tarif cohérent (formule gratuite ou inférieure à 15 EUR/mois)
  • Agrément PA/PDP vérifié pour la mise en conformité 2026

Points d'attention

4 points d'attention

  • Fuyez les outils surdimensionnés, conçus pour des structures plus grandes
  • Contrôlez que la mention TVA non applicable est correctement intégrée
  • Méfiez-vous des offres gratuites aux fonctionnalités trop restreintes
  • Vérifiez que le logiciel accompagne bien le passage à la TVA le moment venu

Notre conseil

  • En tant qu'auto-entrepreneur, misez sur la simplicité. Indy se distingue par son interface claire, sa gestion automatique de la franchise TVA et son prix très accessible. Abby et Tiime constituent aussi d'excellents choix gratuits pour se lancer.

Questions fréquentes

Questions fréquentes

Tout à fait. L'ensemble des auto-entrepreneurs assujettis à la TVA (y compris ceux en franchise de base) doivent se conformer à la réforme. Dès le 1er septembre 2026, il sera nécessaire de réceptionner les factures électroniques via une plateforme agréée. L'obligation d'émission entrera en vigueur le 1er septembre 2027.
Abby et Tiime se démarquent avec des formules gratuites très complètes pour les auto-entrepreneurs. Abby a été pensé spécifiquement pour les micro-entrepreneurs et affiche une note de 4.8/5 sur Trustpilot. Indy, de son côté, propose une offre très accessible avec plus de 5700 avis positifs.
Les logiciels conçus pour les auto-entrepreneurs inscrivent automatiquement la mention 'TVA non applicable, article 293 B du CGI' sur vos factures. Aucune manipulation de votre part n'est requise.
Les plafonds en vigueur pour 2026 s'établissent à 77 700 EUR pour les prestations de services et 188 700 EUR pour les activités d'achat/vente. Un dépassement deux années de suite entraîne le passage au régime réel l'année suivante. Les seuils de franchise TVA sont inférieurs : 37 500 EUR (services) et 85 000 EUR (vente).
Le non-respect de l'obligation de facturation électronique entraîne une amende forfaitaire de 15 EUR par facture non transmise au format électronique. En cas de récidive, la sanction peut grimper jusqu'à 75 000 EUR pour les entreprises individuelles.
Oui, c'est indispensable. À partir de 2026, un simple fichier PDF ne sera plus recevable. Il vous faudra un logiciel capable de produire des factures au format Factur-X (fichier structuré) et de les transmettre via une plateforme agréée PDP ou le portail public PPF.
Dès juillet 2027, quatre mentions supplémentaires deviennent obligatoires : le numéro SIREN du client (s'il est établi en France), l'adresse de livraison lorsqu'elle diffère de l'adresse de facturation, la catégorie de l'opération facturée, et la mention 'Option pour le paiement de la taxe d'après les débits' si elle s'applique.
Sources

Informations vérifiées le 05/02/2026